21世紀初頭のアラスカ。
フォックス諸島沖の孤島シャドー・モセス島にある核兵器廃棄所が特殊部隊FOXHOUNDによって占拠された。

彼らは政府に対して「伝説の兵士」と呼ばれた男、ビッグボスの遺体を要求。
24時間以内に要求が受諾されない場合は核を発射すると通告した。

そこで政府はアラスカで隠遁生活を送っていたソリッド・スネークを召集。極秘の単独潜入任務（スニーキングミッション）の指令を下した。

依頼された任務は2つ。
廃棄所に潜入して人質としてとらわれた
DARPA局長 ドナルド・アンダーソン
アームズ・テック社社長ケネス・ベイカーの両名を教出すること。

テロリストの核発射能力の有無を調査し
事実ならばそれを阻止することだ。