医療室（拷問部屋）～雪原
医療室（拷問部屋）
目を覚ますと拷問台。オセロットの拷問となる。
ここでの結果がエンディング及びクリア特典にも影響する重要な場面（詳細はクリア特典にて解説）。
いずれにしても独房に収容されるので脱出が必要。チャンスは何度かある。
まずは見張り（ジョニー佐々木）が腹を壊してトイレに移動した時、オタコンが駆けつけてアイテムをくれる。IDカードLv6、ケチャップ、そしてウルフのハンカチを入手。
オタコンが去ってから見張りが戻ってくるまでの間にチャンスがあり、選択肢は2つ。ホフク状態になってケチャップを使用するか、ベッドの下に隠れる。いずれも見張りが焦って独房に入ってくるので、すぐに起き上がって素手で倒し気絶させる。タイミングが悪いと見張りが外に出て再び扉を閉めてしまうので、ケチャップを使うならなるべく独房の奥の方でやった方がいい。
ちなみに見張りは何度か腹を壊してトイレに行くため、その都度チャンスはあるがケチャップが使えるのは一度きり。あとはベッドの下に隠れる方法しかない。何度も脱出に失敗すると最終的にはサイボーグ忍者が表れて扉のロックを壊してくれる（拷問をギブアップした時だけかもしれない）。
独房から脱出したら拷問台の部屋まで移動。装備を回収したら医療室を出る前にL2でアイテム欄を見る。変な数字が書かれた箱があるのでさっさと捨て、距離をとって待つと爆発。オセロットが仕掛けた時限爆弾を回避できる（無線連絡で教えてもくれる）。
独房→地下通路
拷問台と独房があったのは序盤でDARPA局長やメリルと接触した場所。
再び捕まった通信棟まで向かうため、戦車格納庫1階から渓谷を越え、核保存棟、所長室などと元来た道を進む。
ちなみに核保存棟B2にはIDカードLv6のドアがあり、ボディアーマーを入手できる。さらに核保存棟B1のIDカードLv6の部屋には風邪薬が置いてある。風邪薬はスネークが風邪をひいてくしゃみをしている時に使用する（くしゃみをすると音が出るので敵兵に見つかりやすい）。
なお、洞窟のウルフドッグはスナイパーウルフのハンカチを装備しているとおとなしくなり攻撃してこない（唯一の使いどころ）。
通信A棟
ウルフと戦った地下通路（ガンカメラが設置されている）までたどり着き、捕まった扉の先へ進むと通信A棟に入る。
しばらく進むと監視カメラで強制的に見つかり、危険フェイズになる。
敵兵が出てくるが、キリがなく無限に出現するので先に進みながら目の前の敵を倒していくしかない。監視カメラで見つかった直後のアイテムボックスにキーアイテムであるロープが入っているので必ず入手しておく（もし入手せずに進むと戻るのが大変なので忘れないように）。
ボディアーマーを装備するとダメージを減らせる（無限バンダナがあれば走りながらFA-MASを撃ちまくる）。特段強い相手ではないので階段を上がりながらFA-MASかスタングレネードなどで倒していく。しばらく同じような階段の景色が続き、一番上まで着いたらハシゴを上る。
通信棟屋上
アンテナに近寄るとイベント発生。リキッド・スネークが乗ったハインドが襲ってくるのでEMERGENCYからロープで下りる。
通信A棟壁面
ロープをつたって下まで降りる。壁からの蒸気やハインドの攻撃はあるが、あまり気にせずどんどん下に下りていったほうがダメージは少ない。
通信棟連絡通路
一番下まで降りたらと連絡通路に出る。
北側（通路奥）には敵兵が待機している。接近してもいいが、遠距離から攻撃したほうがダメージを受けにくい。PSG1を使うか、西側からニキータを使うと簡単に倒せる。
奥に進むと途中でハインドが登場するので屋内まで急いで逃げる。スティンガーミサイルを入手してB棟へ向かう。ちなみに凍りついたドア(Lv6)をC4で爆破するとA棟に戻ることもできる（特別なアイテムはないので基本は不要）。
通信B棟
B棟に入ったら、階段を一番下まで下りる（上に行こうとしてもエレベーターの横に荷物があって進めない）。
崩れてる場所までたどり着いたら、もう一度上まで上がって、エレベーター前まで移動。オタコンが表れてイベント発生。その後、上部に進めるようになるので階段を上がっていく。敵はいないが、コンスタントにガンカメラが仕掛けてあり数も段々増えるため、主観で確認しながら移動。ガンカメラはチャフグレネードで無効化しながら進む。
ハシゴまで来たら上がる前にアイテムを入手し、装備を整えて上の五月蠅い蠅を落としに行く。
通信棟屋上【ボス戦】
再び屋上までたどり着くとリキッドが乗るハインドとの戦いになる。
ハインドD
攻撃はスティンガーミサイルのみ有効。ハインドDの攻撃はミサイルやマシンガン。
中央のタンクを盾にしながら攻撃を避け、隙を見てスティンガーを打ち込む。スティンガーミサイルはロックオンした状態ならターゲットに誘導するので、位置をずらして発射しても命中する。ハインドDはマシンガンが終わると旋回を始めるので、その時が最大のチャンス。ただし、こちらの攻撃が命中すると反撃してくるので、一発撃って命中したらすぐに隠れたほうがいい。
中盤、ハインドDはミサイルを撃ってくるが、これはマップ北側にいれば避けられる。この後ハインドDは下に隠れるようになる。レーダーやスティンガーのマーカーを見て居場所を確認し、あらかじめ上昇しそうな地点でスティンガーを構えていれば上昇直後に簡単にダメージを与えることができる。
ハインドDを倒したら通信B棟へ入り、エレベーターに戻る。
通信B棟
降りるときもガンカメラはあるので忘れずにチャフグレネードで無効化する。
ちなみにガンカメラも監視カメラもスティンガーで破壊することが可能なので無限バンダナがあれば壊してもいいかも。ただチャフグレネードは走りながら投げられるので、その方が早い。
余談だが、本作はスティンガーが手に入ると超最強になる（無限バンダナがあればほぼ無双）。
話を戻し、エレベーターまで戻ってボタンを押すとエレベーターが復活しており乗れるようになる。乗る時になぜか重量オーバーの警告音が鳴る。その後オタコンとの無線連絡があり、ステルス迷彩を装備した敵兵士が乗っていることが判明。戦闘になる。
ステルス兵士は通常兵士よりは体力が高いが、狭いのでFA-MASを撃ちまくるか、グレネードで倒す。下まで下りたら先に進むが、ガンカメラがあるので早めにチャフグレネードを使っておくとダメージを受けない。
雪原【ボス戦】
雪原に出て少し進むとスコープからスネークが狙われ、狙撃される。再びスナイパー・ウルフと対峙する。
スナイパー・ウルフ
地下通路と同様、PSG1で狙撃する。
スネークがいる位置から主観では遠すぎて見えないため、PSG1、双眼鏡、あるいはスティンガーを装備すると標的が分かる。
地下通路の時と同様、左右に移動しながら木に隠れたり、木と木の間からしゃがんで狙ってくるので顔を出してる時を狙うといい。ジアゼパムがあれば手ブレが抑えられるので狙いやすくなる。
ポイントはいかに早くウルフの居場所を見つけるか。先に見つけて先手攻撃ができれば、あとはスコープで追跡しながら顔を出した時に攻撃できる。
なお、先ほど触れたスティンガーやニキータミサイルで倒すことも可能。スティンガーであれば遠距離でもウルフをマークするので標準が合ったら発射すればだいたい当たる。ニキータを使う場合は東側に移動すればウルフからは死角になるため、そこから発射して操作する。緩やかな坂しか上れないので注意は必要だが、ウルフに近づけば反撃はしてこないので簡単に倒せる。
ただし後者は邪道と言えば邪道なので対決を楽しみたい人にはお勧めしない（笑）
ウルフを倒すとオタコンが表れ、別れを告げる（イベント）。
操作できるようになったら、まずは周辺の倉庫でアイテムを入手。ただし倉庫内にはクレイモアやガンカメラが設置してあるので要注意。ちなみに西側の倉庫でダンボールC（雪原行き）が手に入るので、これでスタート地点のヘリポート、核保存棟、そして雪原と施設内を幅広く移動できるようになる。
アイテムを入手したら北西の建物に入り、一番奥の階段を降りるとディスク2へと移行する（ゲームオーバーのような表示になるので最初ビックリするｗ）。
これにてディスク1は終了！
いよいよストーリーは終盤へ。