核保存棟～地下通路
核保存棟1階
渓谷から室内に入る。左脇を進むとアイテム（弾薬）が入手可能。メインの通路を進むと中途半端に開いた扉があるのでホフクで進む。
核保存棟1階はチャフグレネード以外の武器が使用できないため要注意。
敵に見つかり危険フェイズに入るとガスが出て閉じ込められるため、ほぼゲームオーバーとなる。
マップ西側にある階段まで移動したら、まず階段横にあるチャフグレネードを入手しておくと後のボス戦で重宝する。それから階段を中腹まで上がり、上層を東西に巡回する敵兵の様子を見る。そのまま進むと見つかるので階段で待機しておき、近寄ってきて東側に引き返し始めたら後をつければOK（奥まで行くと見つかるので行かない方がいい）。
途中にあるエレベーターに乗ってB1へ。
※B2にも行けるがニキータがないと進まないため先にB1へ。
核保存棟B1
IDカードLv3で南の部屋に入り、同じくIDカードLv3で開く北東の小部屋でニキータを入手する。少し時間が経つとトイレにいた敵兵が戻ってくるので急いでエレベーターまで移動してB2へ。
核保存棟B2（ガスルーム）
ニキータを使って配電盤を破壊する。
毒ガスが充満しているので酸素が少なくなってきたら一度外へ出たほうが良い。
ニキータは発射して一定時間操作しない（方向を変えない）と高速で直進するので、ガンカメラがある場所は高速移動で一気に抜けるのがおすすめ。
発射場所から下→左→上に進み、扉をうまくすり抜けると一番奥に配電盤がある。
うまく配電盤を破壊できたら一度酸素を回復させて移動。
目的地は南東のドアだが、途中3番目の部屋がIDカードLv3で開き、ガスマスクを入手できる。必須ではないが入手しておいてもいい。
右下のドアから次のエリアへ進む。
研究室【ボス戦】
扉を進むと研究室までの通路で兵士の死体と遭遇。そのまま奥まで進むと研究室に入り、イベント発生。
そこで待っていたのはエマ・エメリッヒ博士（オタコン）とサイボーグ忍者。そのままサイボーグ忍者との戦闘になる。
サイボーグ忍者
サイボーグ忍者には銃器や爆発物が一切効かないので素手（〇ボタン）で戦う。戦闘の基本だ。
サイボーグ忍者の攻撃は回し蹴りを2度繰り返した後、少し間を空けてカカト落としをしてくる。
少し離れていれば当たらないので、カカト落としまで見た後にパンチコンボを入れる。序盤は近寄ってパンチコンボ、サイボーグ忍者の反撃を避けながら、またパンチコンボの繰り返し。
サイボーグ忍者の体力が半分になるとステルス迷彩と瞬間移動でかく乱してくるが、サーマルゴーグルを使えば丸見え。使わなくてもだいたい部屋の端っこにいるので、注視すれば見える。見つけたらパンチコンボ。
サイボーグ忍者の体力が少なくなると名（迷）台詞「この痛み、ずっと待っていた」が登場。
こうなると移動パターンが変わり、一度消えて後ろを取ってくるようになる。
サイボーグ忍者に向かって止まらずに走り続ければ攻撃は空振りする。ちなみにチャフグレネードを使うと、いつでも動きを止めることができ、しゃがむまでの間は完全に無防備になる。
体力がゼロになってもすぐには終わらない。うずくまってよく分からない言葉を発する。近寄るとダメージを受けるので遠距離から銃で3回攻撃すれば終わる。
戦闘が終了するとサイボーグ忍者はどこかに逃げ去り、オタコンとの会話（イベント）へ。
オタコンからIDカードLv4を入手してエレベーターまで戻ってB1へ向かう。
核保存棟B1
南の部屋に敵兵士に変装したメリルがいる。
わざとメリルに見つかるか、外の柱の裏でしばらく待つと魅力的な歩き方をした兵士が出てきて女子トイレに向かうのでどちらでもOK。
女子トイレの一番奥の個室に向かうと敵兵士の服が脱ぎ捨てられており、メリルに後ろを取られる（イベント発生）。
メリルからIDカードLv5を入手。
イベント後は敵がいなくなる。北側の所長室が目的地だが、その前に南側の部屋でアイテムを入手しておく。ダンボール箱B、暗視ゴーグル、ジアゼパム等が入手可能。
※メリルと行動を共にする。主観カメラでメリルを見つめるとメリルが照れる。何パターンかセリフあり。攻撃するとメリルのライフが減ってしまう。女性に手を出すなんてもってのほかだ。
所長室【ボス戦】
所長室に繋がる通路でメリルがおかしくなる。
※主観カメラを使うとスネークが映る
そのまま所長室に入るとサイコ・マンティスが登場。これまでの行動パターンでセリフが変わる。茶番を終えたら戦闘に入るが、本作品で最もトリッキーなボス戦と言える。
サイコ・マンティス
まずはメリルが洗脳されて銃を向けてくるため、素手で殴って気絶させる（この時ばかりは仕方ない）。
その後はマンティスとの戦いになる。「ブラックアウト！」みたいなセリフと共に画面が暗くなり、テレビの入力切替で出てくる「ビデオ」となるので一瞬焦るが、待っていれば戻る。
しかし、いざ攻撃してもなぜか全く当たらない。
これはPSのコントローラーを2Pに変更すれば攻撃が当たるようになる。初めてこれを知った時は衝撃だった。
サイコ・マンティスはワープしているように見えるが、透明になっているだけなのでサーマルゴーグルをつけると追跡できる。ただし移動直後は謎の光弾を飛ばしてくるので、タイミングが悪い時は回避を優先したほうがいい。
銃操作が当たりづらければ近寄ってパンチしてもダメージを与えられる。途中、メリルが2回ほど洗脳されるが、最初と同じように気絶させればOK。
後は攻撃を避けながらダメージを与え続ければ勝てる。
戦闘が終わると奥の本棚が隠し扉だったことが分かり、最後の力で開いてくれる。サイコ・マンティス、最後はいい奴。
本棚の横から洞窟へ向かう。扉の手前に銃弾とレーションがあるので入手しておくといい。
洞窟
メリルが先導してくれるというが、あっという間にいなくなってしまう。
暗くて視界が悪く、ソリトンレーダーも使えないためN.V.G（暗視ゴーグル）またはサーマルゴーグルを装備すると進みやすい（なくても何とかはなる）。
最初の小穴をホフクで超えるとウルフドッグがいるので要注意。見つかると攻撃してくる。攻撃力が高く飛ばされてしまうので、無理に攻撃せず、無視して走り抜けるのが一番いい。
ただし初周はマップの把握が困難なので銃で倒して安全に進んだほうが無難。
途中、ホフクで移動する場所が2箇所ある。片方（東側）はメリルがいる場所で、もう片方（南側）はジアゼパムなどが置いてある。
東側のメリルがいる場所に行くと子どものウルフドッグが出てくる（小穴を移動できる）。襲ってはこないので心配なし。
※大人のウルフドッグを倒さずにメリルのところまで行くとメリルに懐いているシーンを見ることが出来る。
地下通路
目の前が地雷原になっていて、メリルが誘導してくれる（サイコ・マンティスに洗脳されたときに見えたらしい）。
彼女が歩いた道を渡れば回避できるが、後のことを考えるとホフクで進んでクレイモアを回収するのがおすすめ。
メリルの近くまで行くとイベント発生。地下通路の先に待ち構えるスナイパー・ウルフにメリルが狙い撃ちされてしまう。
スナイパーライフル（PSG1）が無いと対抗できないため、ベイカーがいた武器庫まで戻らなくてはならない（オタコンに無線すると教えてくれる）。
いつまでも地下通路にいるとメリルの体力が無くなり、自分も下手に壁際から離れると狙撃されるため素早く出たほうがいい。
洞窟→武器庫(B2)
地下通路にいる間はメリルの体力が減ってしまうが、洞窟以降の移動中にタイムリミットは無い。
これまでの道を一気に戻るため、元来た道をそのまま戻ってもいいし、核保存棟1階にあるトラックの荷台でダンボールAを被ったまましばらく待っているとヘリポートへ移動することもできる。渓谷を抜ける場合はガンカメラとクレイモアが仕掛けられているのでサーマルゴーグルとチャフグレネードを使ってさっさと抜けてしまおう。
武器庫(B2)に着いたら北西の小部屋に入り、赤外線センサーを回避してPSG1を入手。
ちなみにケネス・ベイカーがつかまっていた部屋南の廊下、右奥の壁をC4で破壊すると隠し部屋に移動できる。さらにIDカードLv4以上のカードがあれば、そこでデジタルカメラを入手できる。主観で撮影した映像を保存できるがお遊び的な要素なので無視しても構わない。
PSG1を入手したら再び地下通路へ戻る。
地下通路【ボス戦】
再び地下通路に戻るとメリルの姿は無くなっている。
PSG1を入手したので、そのままスナイパー・ウルフとの戦いになる。
スナイパー・ウルフ
ダメージを与えられる武器がPSG1しかないため、焦らずじっくり戦ったほうがいい。
まずはウルフから死角となる両端の壁に移動。壁に張り付き奥の様子を見て、スナイパー・ウルフが左側の柱に移動するのが見えたら、すぐにPSG1を構える。PSG1は装備すると強制的にホフクになるためスコープになる（攻撃できる）まで少しタイムラグがある。
もしスコープに移行する途中でウルフがPSG1を構える音が聞こえた場合、大事を取って装備を解除して隠れたほうが無難。
ウルフを見失ってしまった場合、大抵は柱の裏に隠れている（ウルフの吐息で確認できる）ので、柱の両脇のどちらかに照準を合わせておくといい。
ウルフが現れたら、まずジアゼパムを使って手ぶれを抑えてから狙撃するのがおすすめ（操作の腕にもよるが手ブレはかなり激しく、ウルフに当たる範囲は限られているのでジアゼパムを使うのが無難）。効果継続時間は約40秒しかないのでウルフが見えてから使ったほうがいい。
狙撃されたウルフが同じ場所に留まることはほとんどなく、移動した直後に即反撃してくるので、先回りしようとして予想が外れたらすぐに隠れたほうがいい。後から追いかけたところでまず間に合わない。またウルフに狙撃されてしまった場合、照準が大きく移動して明後日の方向を向いてしまい、反撃はほぼ不可能になるのでPSG1を解除してすぐに隠れるのが無難。
戦闘中はPSG1の弾が近くに表れるが、頻繁には出てこないので確実に狙ったほうがいい。
ウルフを倒すと奥へ進めるようになる。ウルフがいた場所やその下で弾薬を入手可能。一番奥の右側のドアに近づくとイベント発生。敵兵に見つかりウルフにマーキングされ、リキッドたちに捕まってしまう。